作为60年代出生学人的出色代表，杨念群曾这样说过：“有一天我突然醒悟到，历史的存在可能是客观的，但‘历史’之所以变得具有各种形形色色的意义，恰恰就在于当它进入我们的主观视野时，我们会对其采取各种不同的处理方式，也正是在于通过反思和评议以往各种不同的主观认知方式，来建构我们自身的阐释框架，历史才能在现实解释的链条上再打造出新的一环。”中国历史就像一口深井，目前各学科如人类学、法学等都试图在这口井中汲水来滋润自身，而历史学自身却面临解释能力匮乏的窘境，有鉴于此，杨念群最近主编了一本《空间·记忆·社会转型——“新社会史”研究论文精选集》，试图比较规范地展现社会史研究作为多学科交叉之焦点所体现出的崭新魅力。另一部即将完成的论文集《清末民初的基层组织与社会变迁——以地方自治为中心》，则更加具体和细密地贯彻了这一思路。杨念群的研究因为有着宏阔、深邃的理论观照而显出一种大气象与大格局。
杨念群的成名作是《儒学地域化的近代形态——三大知识群体互动的比较研究》，作为“三联哈佛燕京学术丛书”的一种，此书新论迭出，同时又颇受争议，被认为是应用现代社会理论阐释中国历史的开创之作。作者认为“儒学”的影响不仅仅表现为一种思想意识形态，更重要的还是一种制度建构和行动系统。如果我们要真正了解思想在历史中的意义，就要同时了解思想是如何被制度程序所建构的。“儒学地域化”概念的提出就是尝试在一个限定的前提下讨论一个十分复杂的知识与制度的关联性问题，这一概念的提出，有可能为中国历史学中层理论的建构提供某种经验。
1995年以后，杨念群以西医东传为切入点，致力于中国近代空间转型机制的研究，试图回答西医在进入中国这个陌生的国家时如何处理一些属于中国本土性的经验问题和复杂情况，其中代表性的文章《民国初年北京的生死控制与空间转换》，在英美中国学界引起了相当大的影响，被誉为中国史学研究中激动人心的进展。文章的一个重要特点是利用大量的城市地方档案，通过深描式的搜索和拼贴技术，力图恢复被现代化和判断所遮蔽的那些基层人物的真实面貌，用知识考古的方式复原辨析他们发出的微弱声音，以便更加真实地重现历史中另一些为人所忽略的面相。
杨念群把学术探索的经验看作一种接续以往永不歇止的生命之火的燃烧过程，他说：“火焰是否能长明不熄，往往取决于不断向里添柴加料的程度和韧力。学术研究对我来说已不仅仅是某种职业表徵，更像是一种生命勃发出活力冲动的标志与承诺。”
